美国国家交通安全委员会仔细研究了黑匣子录音之后，发布了飞机最后3分钟的情况。具体的过程是这样的。事发2分40秒之前，飞机原本在正常高度飞行，但是自动驾驶系统突然关闭了，飞机冲力大减，开始下降，越降越快，降速超过0.86马赫，然后990航班的左右两个引擎开始相互运动，机械系统被关闭，飞机暂时找到了平衡开始上升。然而灾难却还没有停止。飞机再次下坠，失去了控制并最终沉入大西洋，全过程不到3分钟。

根据黑匣子的分析结果，埃及调查小组认为，大致有以下的3种原因导致飞机坠毁。一是飞机存在技术故障，二是机内有爆炸物。三是飞机被导弹击落，而且最有可能出现的原因是飞机技术故障问题。埃及金字塔报直言，美国航空管理机构已经承认埃航990机的升降控制系统可能存在严重技术问题，这有可能是造成埃航飞机坠毁的原因。美国调查小组也提出了自己的观点，但是与埃及方面的观点相差很大。美方认为，990航班的副驾驶有意自杀，并最终造成了这次不幸的事件。

美国专家在分析飞行记录仪之后，认为有人关掉了位于驾驶室内的开关擎和这个开关，而这个开关擎控制飞机的两个引擎，关闭它无疑就等于让飞机下坠。因而美方推测，关闭开关擎的那个人有自杀的企图。这并不是没有先例的。两年前，新加坡航空的子公司胜安航空在印尼坠机，很多人就怀疑是飞机上有人想自杀而造成的。当时胜安航空公司的一架波音737客机由新加坡飞往印尼首都雅加达，不幸在途中坠毁，机上104人全部丧生。