事后调查人员就发现，该航班机师朱为民有个人问题，是他在蓄意令飞机坠毁。据美国国家运输安全委员会说，在自动操作系统突然被关闭大约20秒后，990客机的两个引擎被关闭了，飞机随即俯冲进大西洋中，那么美国国家运输安全委员会究竟在怀疑谁。原来就是在怀疑飞机上的背勤机师。当时机长离开驾驶室的时候，飞机就是由背勤机师控制着，是他有把飞机坠落在大西洋上，于是他就关掉了飞机的自动导航系统。当时，他在口中还不停的念着，我把信念都交托给神，做出了和正技师挽救客机完全相反的操作。不过，上述论证只不过是美国调查人员的猜想，没有经过任何证实。但是在给上级的报告中，他们指出了可能有杀人倾向或者自杀倾向这种说法。

美方的这个调查结果自然引来埃及政府的强烈不满，他们坚决认为是飞机的基建问题导致了这场意外的发生。在一些西方国家中的埃及社群，也对美国的这份报告十分不满。他们认为埃及人是根本不喜欢自杀的。美方针对埃及政府的基建问题说提出了相反的意见，他们表示经过美国的论证，埃及调查人员给出的结果完全都和事实不符，比如说，埃及方面认为升降舵失去控制，但是美国方面确认在当时飞机的升降舵是正在处于分裂的状态，然而在这种情况下，一边是升而另一降，是将这种操作只有在990号航班上的飞行人员才能够做得到。

因为这次空难不同于911事件，机长是正常的离开驾驶室，也没有对乘客有额外的警惕。而这次空难事件也不是客机驾驶员以外的人走入驾驶室来领飞机引擎停转，不过背勤机师念读的句子仍被视为是自杀的证据。时至今日，事故的原因仍然是一个谜团，谁都没有确切的证据证明空难的具体原因。但是不管怎样，这一教训却是惨痛的。不论是由于埃方所说的机械故障，还是由美方所说的人为的原因，都值得我们为之深思。事后，埃及航空公司将飞往纽约的航班改为MS986，并改用新型的波音777客机来执行此航段。