历史学家对此的解释是，李自成进城的时刻恰逢其时。正好到这个时候，北京的腺鼠疫已经基本平息，而肺鼠疫，因为天气转暖，还没能流行开来。这里要解释一下腺鼠疫与肺鼠疫。一般人们都知道，鼠疫是一种由老鼠传染的烈性传染病。具体说，是由老鼠身上所带的跳蚤，将鼠疫杆菌传染给了人。这是腺鼠疫。腺鼠疫的显著特征，就是淋巴结肿大溃烂。而肺鼠疫，常常是由腺鼠疫转化而来，表现为剧烈胸痛、咳嗽、吐血。肺鼠疫的厉害，在于它是人与人之间的传染，已经不需要老鼠作为中介，类似SARS。但是肺鼠疫的流行一般都是在冬天，需要在气温低的条件下。

根据医学的观点“每一种疾病，有每一种疾病的机理。腺鼠疫的流行，到了老鼠和人都死到一定程度时，它就会平息下来。这个时候李自成来了。如果李自成早几个月进来，他们也会被鼠疫消灭掉，不过，到最终清军还会进来，这个大趋势不会变。历史的演变真是非常有意思。在崇祯的最后一年，1644年的春天，李自成进北京又退出北京的前后，在天津及南方，继续流行鼠疫。疫区一直伸延到了苏州、杭州。从症状的描述来看，既有腺鼠疫，又有肺鼠疫。

甚至有人说，李自成的部队后来与吴三桂及清军的决战之所以大败，就是因为在北京已经感染了鼠疫，丧失了战斗力。到后来，李自成屡战屡败一溃千里，就是这个原因。而清军，占领北京后又迟迟不南下，听凭南明建立流亡政府抵抗，也是这个原因。不过对于这个鼠疫导致了明王朝的覆灭，也有很多的史学家表示不可思议，甚至比较诡异，因为单从历史记载上看，李自成的部队经过的地方，最后都变成了疫区发生的鼠疫的大流行，但是非常奇怪的是，确实没有李自成部队本身受感染的记录。

也许战争与疾病往往成为因果关系，除了鼠疫也就是黑死病的流行，导致了历史的天平出现了倾斜，史学家李玉尚曾写过一篇论文，讲述太平天国战争时，霍乱的流行怎样对这场战争发生影响。在同治元年七月，太平天国战争已经到了决战时刻。清军一方，曾国藩的部队本来已经形势大好，满以为可以一举拿下南京。不想，一场凶猛霍乱使得“士卒十丧四五”，死去的人数以万计，有时军中病人连侍候服药的人都没有了。按理说这正是太平天国一方大举反攻的好时候。可是，霍乱同样也袭击了他们的军营，使得他们也无力进攻。这样，战争进入了僵持。本来预计马上会结束的战争，又拖延了三年。这是最典型的疾病直接影响战争的事例。而这一切最有说服力的证据，来自曾国藩的那一封封书信。

事情还没有完，鼠疫最初是怎么发生的，为何明末的几场大鼠疫都是从山西开始的，上海交大的曹树基教授自明清以来，山西长城口外地区的自然环境发生了巨大的变化，也就是说，从这时候开始，有大量的汉人迁入，大片原来的牧场被开垦成农田，这里的生态环境变了。历史记载，大批汉人进入塞外是在明嘉靖年间（1533-1534年），大同边卫发生变乱，许多汉人逃往口外投奔蒙古俺答。他们还大肆招徕汉族逃民在那里耕田。也有记载说蒙古俺答也从内地虏掠汉人过去，从事农活。

在草原上生活着大量的老鼠。它们中也会有携带鼠疫杆菌的病鼠，医学界普遍认为，只要带菌老鼠的种群小到不足以传染流行就没关系，在草原上一般就是这个情况，但是如果大量的人过去，改变了这种关系情况就不同了，这时，人与鼠接触的机会就大大增加，特别是在发生旱灾的情况下。

据鼠类专家的研究，一旦发生旱灾，老鼠会到处去找食物，其中不少就窜到了人类的集中居住地。而因为它们吃不饱，会导致体质变弱，这时它们身上带的跳蚤会格外多，干旱使鼠洞内温度相对升高，又促进了鼠疫杆菌在跳蚤体内的繁殖。这时的老鼠对人就相当危险了。可是恰恰这时，受了旱灾的饥民们，偏偏要到处找老鼠。他们需要刨鼠洞里的粮食充饥。可以想见，这时人们带回家的，不仅仅是老鼠们存下的粮食，更有老鼠们身上的跳蚤、和跳蚤们所带的鼠疫病菌。

查一查明朝末年的历史记录，关于灾荒特别是旱灾的记录触目惊心：万历十年、十五年、四十五年，都曾发生瘟疫，也都是大旱之年，崇祯十四年之后，是连续四年的大旱，瘟疫也一直延续到明朝的灭亡之后。旱灾发生后，灾民们会四散逃荒，使得瘟疫也随之四处扩散，一旦旱灾、瘟疫和战争同时出现的时候，这正是明朝末年的情形，这个社会就开始崩溃了。

如果没有战事，或许明朝政府还可以集中精力去应付灾荒。但明朝末年的时候，明王朝面临着强大的外敌入侵。为了应付辽东防务的沉重负担，于是加紧对社会摊派苛捐杂税，这又导致社会矛盾激化，激起一轮又一轮的民变。战争，又导致灾荒和疫病的后果成倍扩大，无法收拾。1644年，一年中中国出现了三个皇帝，北京人有四分之一被鼠疫夺去生命。而据初步估计，明末的崇祯年间，死于鼠疫流行核心区即山西、直隶、河南三省北部的疫死人口，要占到这三个省总人口的三分之一。

灾荒、疫病、战争，1640年代的中国，这几种因素相互影响，相互作用，使得神州大地生灵涂炭，山河破碎。据学者统计，明清易代之际，因非正常死亡，中国的人口减少了约四五千万。一直到今天鼠疫也没有彻底消失，它依然在地球上的一些地方肆虐横行，值得一提的是，随着人民对“黑死病”认识的逐步深入，一些带有现代医学痕迹的医学和预防方法开始出现，某种程度上“黑死病”结束之日，正是现代医学兴起之时。

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